Telo textových a HTML správ je obvykle zakódované pomocou "quotedprintable" kódovania. Všetky prílohy sú zakódované pomocou "base64" kódovania. Pri volaní metódy addAttachment() je možné nastavené iné kódovanie. Kódovanie je možné nastaviť aj v objekte pre MIME-časť. 7Bit a 8Bit kódovanie v súčastnosti nie je implementované a dáta sú ďalej predané bez zmeny.

Zend_Mail_Transport_Smtp zakóduje riadky, ktoré začínajú jednou, alebo dvomi bodkami a teda takýto e-mail nebude narušovať SMTP protokol.