Есть два метода, с помощью которых производится сохранение изменений в документе PDF. Это методы Zend_Pdf::save() и Zend_Pdf::render().

Метод Zend_Pdf::save($filename, $updateOnly = false) сохраняет документ в файл. Если $updateOnly равен true, то к файлу PDF будет только добавлен новый сегмент, иначе файл будет перезаписан.

Zend_Pdf::render($filename, $updateOnly = false) возвращает документ PDF в виде строки. Если $updateOnly равен true, то будет возвращен только новый сегмент файла PDF.

<?php
...
// Загрузка документа PDF
$pdf = Zend_Pdf::load($fileName);
...
// Обновление документа
$pdf->save($fileName, true);
// Сохранение документа в новом файле
$pdf->save($newFileName, true);

// Возвращение документа в виде строки
$pdfString = $pdf->render();

...
?>