Par défaut, les messages textes et HTML sont encodés via le mécanisme "quoted-printable". Tous les fichiers joints sont encodés via base64 si aucun autre encodage n'est spécifié lors de l'appel à addAttachment() ou assigné plus tard à la partie MIME de l'objet. Les encodages 7Bit et 8Bit ne se font pour l'instant que sur les données binaires.

Zend_Mail_Transport_Smtp encode les lignes commençant par un ou deux points, ainsi l'email ne viole pas le protocole SMTP.